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La investigación en la FCE se lleva a cabo en cuatro Institutos de Investigación coordinados por la SECYT-RRII-FCE y un Centro vinculado con el CIECS-CONICET: 

Instituto de Contabilidad
Tiene como objetivo desarrollar investigaciones teóricas y empíricas en las áreas de contabilidad y auditoría, considerando la realidad nacional e internacional. Hay proyectos enfocados en Contabilidad Financiera y Auditoría, Contabilidad de Gestión, Sustentabilidad y Contabilidad, y otros vinculados con el área del Derecho, tales como Derecho Tributario o Derecho Laboral. Finalmente, algunos proyectos abarcan el campo de la profesión del contador público o estudian aspectos vinculados a la enseñanza de la disciplina.

Instituto de Administración
Enfoca las actividades de investigación en temas de Administración en Organizaciones Públicas y Privadas. Los proyectos de investigación están orientados al campo de los estudios organizacionales, cadenas de valor, economía circular, sustentabilidad, mercados laborales, perspectiva de género, cultura organizacional, innovación.

Instituto de Economía y Finanzas
El Instituto de Economía y Finanzas es el instituto más antiguo de la Facultad, creado en 1935 por el Consejo Superior de la UNC. Los miembros del instituto realizan investigaciones en áreas clave de la economía aplicada como el comercio internacional, la macroeconomía, la microeconomía, el mercado laboral, la economía política, la pobreza y la desigualdad, la economía del conocimiento y la economía de la innovación. Recientemente, algunos investigadores han estado explorando otras áreas en este campo, incluida la economía de la salud y la economía de la felicidad.

Instituto de Estadística y Demografía Dr. Hebe Goldenhersch
El Instituto de Estadística y Demografía Dr. Hebe Goldenhersch tiene como objetivo generar y transmitir conocimiento en tres campos metodológicos: Estadística, Métodos Cuantitativos y Demografía.
En Estadística, las investigaciones realizadas en el marco de proyectos de investigación y tesis de máster y doctorado durante los últimos años se han centrado en la puesta en valor teórico y metodológico de los Modelos Estadísticos Avanzados. Estos modelos incluyen, entre otros, Modelos Mixtos (Multinivel y Longitudinal) y Modelos de Ecuaciones Estructurales.
Los Proyectos y Programas en el ámbito de los Métodos Cuantitativos se basan en modelos de Investigación Operativa. Actualmente estamos trabajando en el desarrollo y aplicación de métodos de decisión discretos multicriterio y modelos de evaluación de eficiencia, tanto paramétricos como no paramétricos.
En Demografía, los proyectos y tesis de posgrado más recientes tienen como objetivo comprender, predecir y analizar la evolución de la población. El enfoque principal está en las desigualdades socioeconómicas territoriales dentro de nuestro país y grupos de población específicos.

Centro de Investigaciones en Ciencias Económicas (CICE)
Es un Grupo Vinculado al Centro de Investigaciones y Estudios sobre Cultura y Sociedad (CIECS) de CONICET que funciona en el ámbito de la Facultad de Ciencias Económicas (FCE) de la Universidad Nacional de Córdoba (UNC). Promoviendo la radicación de investigadores y becarios de las disciplinas que se desarrollan en la FCE y de otras áreas del conocimiento vinculadas al campo de las ciencias económicas y organizacionales (geografía, sociología, psicología, ciencias agropecuarias, etc.).

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